Masa remaja adalah fase pencarian jati diri yang penuh tantangan, di mana pengaruh lingkungan luar dapat membentuk karakter seseorang menjadi pribadi yang berbeda-beda. SMAN 9 Yogyakarta menyadari bahwa pendekatan kekerasan atau sanksi fisik tidak akan cukup untuk menangani isu perilaku menyimpang di kalangan siswa secara tuntas. Sekolah ini memilih menggunakan pendekatan humanis sekolah untuk merangkul setiap siswa yang menunjukkan gejala kurang disiplin dengan tujuan mencari solusi dari hati ke hati. Melalui dialog yang jujur, siswa diajak untuk memahami konsekuensi dari tindakan mereka tanpa merasa dipojokkan atau dipermalukan di depan umum oleh pihak sekolah.
Masalah seperti pelanggaran kedisiplinan ringan ditangani dengan cara mengajak siswa berbicara secara personal di ruang bimbingan konseling yang nyaman dan privat. Penerapan pendekatan humanis sekolah ini memungkinkan guru untuk mengetahui beban mental atau masalah pribadi yang mungkin sedang dihadapi oleh siswa tersebut di luar sekolah. Sekolah memandang setiap kesalahan sebagai kesempatan untuk memberikan bimbingan karakter yang lebih tepat sasaran bagi masa depan siswa yang bersangkutan agar lebih baik lagi. Dengan merasa didengarkan, siswa cenderung lebih terbuka untuk memperbaiki perilakunya secara sadar demi kebaikan diri mereka sendiri dan lingkungan sekitarnya.
Selain bimbingan individu, sekolah juga mengaktifkan berbagai kegiatan komunitas untuk menyalurkan energi berlebih para siswa ke dalam aktivitas yang positif dan membangun prestasi. Keberhasilan pendekatan humanis sekolah terlihat dari meningkatnya partisipasi siswa dalam kegiatan seni dan olahraga yang mampu meningkatkan rasa percaya diri mereka di sekolah. Lingkungan sekolah diciptakan sebagai rumah kedua yang aman, di mana siswa merasa memiliki peran penting dalam memajukan institusi mereka melalui karya-karya nyata yang bermanfaat. Hal ini secara efektif menekan angka perilaku negatif karena siswa merasa mendapatkan apresiasi yang layak atas bakat unik yang mereka miliki masing-masing.
Peran wali kelas sangat krusial dalam mendeteksi dini perubahan perilaku siswa yang berpotensi mengarah pada tindakan yang merugikan diri sendiri maupun kawan sekolah. Melalui pendekatan humanis sekolah, komunikasi antara guru dan orang tua terjalin dengan sangat baik guna menyinkronkan pola asuh anak saat di sekolah maupun rumah. Orang tua tidak lagi merasa cemas saat berkomunikasi dengan sekolah, karena pertemuan tersebut difokuskan pada mencari jalan keluar bersama demi kesuksesan putra-putri mereka.